Soil mineral and microbial nitrogen

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Table of contents

INTRODUCTION
CHAPITRE 1: EFFETS DE QUATRE MATIÈRES ORGANIQUES BRUTES SUR LE CONTRÔLE DES NÉMATODES PARASITES DU BANANIER ET SUR LES COMMUNAUTÉS DE NÉMATODES DANS LE SOL : ESSAI EN MICROCOSME
PARTIE 1: EFFECTS OF ORGANIC AMENDMENTS ON PLANT-PARASITIC NEMATODE POPULATIONS, ROOT DAMAGE AND BANANA PLANT GROWTH
1.1.1. Abstract
1.1.2. Introduction
1.1.3. Materials and methods
1.1.3.1. Soil, plant material, and organic amendments
1.1.3.2.Experimental design
1.1.3.3. Soil mineral and microbial nitrogen
1.1.3.4. Plant growth and banana N content
1.1.3.5. Banana available N
1.1.3.6. Plant-parasitic nematodes and root necrosis analysis
1.1.3.7. Statistical analysis
1.1.4. Results
1.1.4.1. Changes in soil microbial N and mineral N
1.1.4.2. Banana growth and plant-parasitic nematodes
1.1.4.3. Root necrosis
1.1.5. Discussion
1.1.5.1. Nitrogen dynamics and banana plant growth
1.1.5.2. Nematode regulation and parasitism impacts on banana plants
PARTIE 2: EFFECTS OF DIFFERENT ORGANIC AMENDMENTS ON BANANA PARASITIC AND SOIL NEMATODE COMMUNITIES
1.2.1. Abstract
1.2.2. Introduction
1.2.3. Materials and methods
1.2.3.1. Soil, plant material, and organic amendments
1.2.3.2. Experimental design
1.2.3.3. Chemical and biochemical characterization of the amendments and N-NH4 + in soil
1.2.3.4. Nematodes in roots
1.2.3.5. Nematodes in soil
1.2.3.6. Nematode community index
1.2.3.7. Statistical analysis
1.2.4. Results
1.2.4.1. Main chemical and organic components of the four amendments
1.2.4.2. Plant-parasitic nematodes in banana roots
1.2.4.3. Soil nematode community composition
1.2.4.4. Nematofauna indices
1.2.5. Discussion
1.2.5.1. Suppression of plant-parasitic nematodes in roots and characteristics of the organic amendments
1.2.5.2. Impacts of amendments on soil nematode community structure
1.2.5.3. Mechanisms of plant-parasitic nematode suppression
1.2.6. Conclusion
CHAPITRE 2: EFFECTS OF COMPOSTS ON BANANA GROWTH, PLANT-PARASITIC NEMATODE POPULATIONS, AND SOIL NEMATODE FOOD WEB
2.1. Abstract
2.2. Introduction
2.3. Materials and methods
2.3.1. Trial location, experimental design and pot management
2.3.2. Chemical and biochemical characterization of the amendments
2.3.3. Soil sampling
2.3.4. Plant growth and available mineral N in the pots
2.3.5. Soil microbial biomass
2.3.6. Nematode extraction and identification in the roots
2.3.7. Nematode extraction and identification in soil
2.3.8. Statistical analysis
2.4. Results
2.4.1. Chemical and biochemical characteristics of amendments
2.4.2. Changes in plant growth with treatments
2.4.3. Plant growth and plant-parasitic nematodes in the roots
2.4.4. Microbial biomass and nematode community structure in soil
2.5. Discussion
2.5.1. Effects of composts on plant-parasitic nematode control
2.5.1.1. Effects of composts on the quantity of root resources
2.5.1.2. Compost effects on the size of populations of banana parasitic nematodes
2.5.1.3. Compost effects on specific composition of plant-parasitic nematodes in the roots
2.5.2. Compost effects on soil nematode communities
2.5.2.1. Direct effects of organic material application on nematode community structure
2.5.2.2. Changes in nematode food web structure
CHAPITRE 3 : VARIABILITÉ SPATIALE ET EFFET DE LA STRUCTURE DU SOL SUR LES POPULATIONS DE NÉMATODES PARASITES DU BANANIER ET LES COMMUNAUTÉS DE NÉMATODES DANS LE SOL À L’ÉCHELLE DU PROFIL CULTURAL
3.1. Introduction
3.2. Matériel et méthodes
3.2.1. Site expérimental et mise en place de l’essai
3.2.2. Description des profils culturaux et échantillonnage
3.2.3. Densité, nécrose et diamètre des racines
3.2.4. Nématodes dans les racines et dans le sol
3.2.5. Variables descriptives de la structure du sol et de la matière organique
3.2.6. Analyses statistiques
3.2.6.1. Statistiques inférentielles
3.2.6.2.Analyses en composantes principales
3.2.6.3. Analyses de co-inertie
3.3. Résultats
3.3.1. Caractéristiques structurales et spatiales des profils
3.3.1.1. Description morphologique des profils
3.3.1.2. Analyse des profils
3.3.1.3. Densité et diamètre des racines
3.3.2. Nématodes phytoparasites et nécroses
3.3.2.1. Variabilité spatiale du taux de nécrose et de la densité des nématodes phytoparasites dans les racines
3.3.2.2. Structure des populations de nématodes phytoparasites dans les racines
3.3.3. Variabilité spatiale des communautés de nématodes dans le sol
3.3.3.1. Structure taxonomique des nématodes phytoparasites dans le sol
3.3.3.2. Structure taxonomique des nématodes « libres » dans le sol
3.3.4. Variabilité des indices nématologiques
3.3.5. Relation sol-nématodes
3.3.5.1. Analyse de co-inertie entre les nématodes phytoparasites dans les racines et les variables du milieu
3.3.5.2. Analyse de co-inertie entre les nématodes phytoparasites dans le sol et les variables du milieu
3.3.5.3. Analyse de co-inertie des taxons de nématodes « libres » du sol et des variables du milieu
3.4. Discussion
3.4.1. Effets de la variabilité de la structure du sol et de l’apport de compost sur la composition et la structure des communautés de nématodes
3.4.1.1. Effet de la structure du sol
3.4.1.2. Effet de l’apport de compost
3.4.2. Effets de la variabilité spatiale des ressources sur la composition et la structure des communautés de nématodes
3.4.2.1. Effets sur les nématodes phytoparasites dans les racines et dans le sol
3.4.2.2. Effets sur les nématodes « libres » dans le sol et sur le fonctionnement du réseau trophique des nématodes
CONCLUSION GÉNÉRALE
4.1. Principaux résultats acquis au cours de la thèse et limites de ce travail
4.1.1. Effet des apports de matières organiques brutes et compostées sur le contrôle biologique des populations de nématodes
4.1.2. Mécanismes mis en jeu dans les contrôles observés.
4.1.3. Paramètres du milieu qui structurent la répartition des nématodes « libres » et parasites dans le sol, à l’échelle du profil cultural
4.2. Perspectives de recherche
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES