Chemical traits measurement

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Table of contents

I Introduction
I. Les micro-organismes, des éléments essentiels au fonctionnement du système Terre
II. La forêt, un écosystème diversifié en habitats microbiens indispensables à son fonctionnement
II.1. Les micro-organismes associés à la formation des sols
1.A. Les micro-organismes décomposeurs des litières
1.B. Les micro-organismes décomposeurs du bois mort
1.C. Les sols représentent le plus important des habitats microbiens en forêt
II.2. La plante et son microbiote forment une entité fonctionnelle : l’holobionte
2.A. Les micro-organismes colonisent les organes reproducteurs des plantes
2.B. Les micro-organismes colonisent les organes végétatifs des plantes
a. La rhizosphère est un habitat riche en nutriments
b. La phyllosphère est un habitat oligotrophe exposé à de multiples contraintes
Caractéristiques anatomiques et chimiques foliaires
Conditions microclimatiques foliaires
Les interactions biotiques à l’intérieur de la phyllosphère
III. Influence des micro-organismes de la canopée des arbres sur le fonctionnement des forêts
III.1. Effets positifs et négatifs des micro-organismes sur la fitness des arbres
1.A. Stimulation et inhibition de la germination des graines et de la croissance des plantes
a. Attaques de pathogènes et d’herbivores sur les graines
b. Régulation hormonale de la croissance des plantes
1.B. Contribution à la nutrition azotée
1.C. Régulation des stress biotiques
a. Effets directs : Interactions biotiques entre micro-organismes
b. Effets indirects : Activation du système immunitaire de la plante hôte
III.2. Contribution aux cycles biogéochimiques
2.A. Cycle des nutriments
2.B. Cycle de l’eau
IV. Métagénomique ciblée : une méthode devenue incontournable pour étudier les communautés microbiennes
IV.1. Préparation des échantillons
IV.2. Amplification des gènes microbiens
IV.3. Séquençage des gènes microbiens
IV.4. Traitements bioinformatiques des séquences
V. Objectifs de la thèse
VI. Références
II Within-canopy variation in phyllosphere microbial communities of european beech (fagus sylvatica): magnitude, drivers and functional consequences
III Maternal effects and environmental filtering shape seed fungal communities in oak trees
IV Quantitative and qualitative assessment of bacterial fluxes among soil, plant phyllosphere and near-surface atmosphere
V Conclusion et perspectives
VI Annexes